Am Ende der Primarstufe werden die Schülerinnen und Schüler in diejenige Schulart der kooperativen Oberstufe zugewiesen, in der sie am besten gefördert werden können. Die kooperative Oberstufe mit verschiedenen Schularten und leistungsdifferenzierten Niveaukursen verbessert die Durchlässigkeit und die Zusammenarbeit zwischen Real- und Sekundarschule. An der kooperativen Oberstufe der Stadtschulen Zug sind die Schülerinnen und Schüler, die der Werkschule zugeteilt sind, in die Realschule integriert.